在污水处理中，污水处理复合菌种担任修复生活，生产已经河道的有机物污染的使命，符合无毒、无公害、无二次污染、对人体无害的原则。能有效去除氨氮、BOD、COD、SS、硝酸根、硫酸根、色度、臭味、毒性物质、化合污染物等，通过污水处理工艺中前端的预处理，然后经过生化厌氧，好氧阶段，从而能够有效的降解水中的污染物。
为达到污水中污染物质降解的目的，遴选、培养、组合针对污水特别降解能力的微生物菌形成菌群，成为专门的污水处理菌种，而在众多的污水处理方法中，生物处理法因为工艺简单、效果显著、成本低廉、无二次公害等优点，在主要的污水处理工艺。其中生物膜法、生物滴滤法、活性污泥法或加入生物制剂等方法，都是利用生物的分解能力达到净化水质的目的。
污水处理复合菌种主要应用于污水新系统启动，帮助污水生化池能快速培养微生物菌种，污水处理复合菌种是由多种细菌组成的复合菌系，可以适应不同的水质环境，污水处理复合菌种具有降解COD、BOD、氨氮、总氮等适用面广，菌种主要包含硝化细菌、反硝化细菌、芽孢杆菌、假单胞菌和活化酶及多糖等其他营养物。
污水处理复合菌种是固体粉末状。污水处理复合菌种适应能力强，抗冲击能力强，生化池培好菌后稳定性也是比较好，对于复杂得工业化工废水指标超标也有一定的去除能力，菌种经驯化后耐盐可达2%。
污水处理复合菌种优势：
1.培养周期短：生物接触氧化法培菌能2-3天快速挂膜，附着在填料上的菌种好氧池是黄棕色，用手接触时可以感觉到鼻涕一样黏黏的感觉，同时，产污泥量很少，不需要经常排污泥，排泥周期半个月或者一个月不等；活性污泥法陪菌，以污泥作为附着点，然后投加固体粉末菌种，可以缩短单独使用活性污泥培养的周期，周期大概能减少到一半。
2.处理范围广：固体粉末微生物菌种能有效去除废水中的BOD，COD，SS，氨氮，总氮指标，细菌对总磷的处理有限，总磷去除主要与污水处理工艺结构有很大的关系。
3.稳定性强：污水生化池不光需要培养菌种周期快，同时对于后期新的稳定运行也是很重要。
4.适应性强：固体粉末菌种对水质高低复合的适应能力也有着很强的适应能力。高浓度COD指标投加固体粉末的菌种也能培养或者降解污水中的有机物。
5.具备显著的除臭效果，消除NH3、P、H2S及有机酸之能力超强。
6.投放简单：菌种与污泥按照10：1比例溶解投加到生化池中，然后曝气开着培养。
7.繁殖能力强：菌种从一代繁殖到二代，三代的周期非常的短（硝化细菌的繁殖较长一些，一般在3天），对高负荷水质造成的冲击的恢复能力也是比较强。
8.抑制病毒、病菌与寄生虫。
9.抑制藻类繁殖，净化水体与水色。
10.对于低浓度重金属污染，如锌、锰、铁、铬…等也能去除。
11.污水处理菌种系列易培养、繁殖快、对环境有较强的适应能力和自然进化等特性，一旦出现新的污染化合物，它们也能逐步通过自发或诱导产生新的酶系，具备新的代谢功能，从而降解或转化新的化合物。
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