在污水处理领域，液体菌种发挥好的作用。在生物发酵罐中通过深层培养生产出的液体形态微生物菌种，能够降解有机污染物，降低化学需氧量（COD）和生化需氧量（BOD），从而改善水质，减少环境污染。液体菌种在成本方面为固体的三十分之一，降低了污水处理成本。缩短了时间成本，提高了处理能力。
1.液体菌种使菌体细胞生长繁殖快速：在液体环境中，营养物质均匀分布，为菌体细胞提供足够养分，使生长速度加快，能在短时间内增殖。例如，在适宜条件下，数小时内就能实现数量的增长，提高了处理污水的速度。菌体细胞生长速度快，适应污水环境快，处理系统的启动时间和调试周期减少。
2.液体菌种可以通过筛选和驯化，适应不同类型的污水，对于生活污水和工业废水等都能应对自如。对于含有高浓度有机物、重金属、有毒有害物质等复杂成分的工业废水，液体菌种也能逐渐适应并进行处理。此外，液体菌种能够在不同的温度、pH值、溶解氧等环境条件下生长和发挥作用，具有很强的环境适应性。一些耐盐、耐酸、耐碱的液体菌种，在恶劣的污水环境中也能生存并处理污染物，这样扩大了其应用范围。
3.液体菌种具有很好的代谢活性，能够很快降解污水中的有机污染物，如化学需氧量（COD）、生化需氧量（BOD）等。通过菌体的呼吸作用、分解作用等，将有机物质转化为无害的二氧化碳、水和微生物细胞物质，从而达到净化污水的目的。在氮、磷等营养元素的去除方面也有好的反应，例如通过硝化、反硝化等作用，将污水中的氨氮转化为氮气，将磷元素吸收并转化为微生物体内的物质，降低污水中的氮、磷含量，防止水体富营养化。
4.安全性高：液体菌种处理污水是一种生物处理方法，不会产生二次污染，对环境友好。它避免了使用化学药剂可能带来的环境污染和对生态系统的破坏。而且经过筛选和驯化的液体菌种对人体和其他生物的安全性高，不会对生态环境和人类健康造成潜在威胁。
5.液体菌种在城市生活污水处理中被应用于活性污泥法。在活性污泥法中，液体菌种能够降解有机污染物，减少废水中的氨氮和亚硝酸盐含量。通过向污水中投加液体菌种，其中的微生物如细菌、真菌、原生动物等能够快速繁殖和代谢，消耗污水中的有机污染物。细菌是活性污泥中的主体，能稳定水中的有机物质，形成絮凝体并构成菌胶团，具有强的吸附和分解有机物的能力。真菌则能分解难降解有机物质，原生动物以细菌和其他微生物为食，促进废水中悬浮物的沉降，有利于活性污泥的稳定化。
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